Né à Genève le 27 septembre 1821, dans une famille genevoise originaire de Castres en Languedoc. Amiel perd très tôt ses parents: il a onze ans lorsque sa mère meurt de tuberculose; deux ans plus tard son père se jettera dans le Rhône. L'orphelin est recueilli avec ses deux sœurs Fanny et Laure par son oncle Frédéric et sa tante Fanchette. Il fréquente avec succès le Collège et l'Académie (c'est-à-dire l'Université) de sa ville natale, et entreprend quelques voyages en Suisse, en Provence et en Italie. En 1844, il part pour l'Allemagne, s'inscrit aux Universités de Heidelberg, puis de Berlin, où, à côté de la géographie, de l'histoire, de l'esthétique et de la philologie, il étudie surtout la théologie et la philosophie. Durant ses vacances, il explore les pays scandinaves.
En 1849, l'Académie de Genève met au concours la chaire d'esthétique alors vacante. Amiel se porte candidat et l'emporte avec un mémoire intitulé Du mouvement littéraire dans la Suisse romane et de son avenir. Appelé peu après à enseigner de surcroît et à titre intérimaire l'histoire de la philosophie, il sera titularisé en 1854 dans cette chaire qu'il conservera jusqu'à sa mort.
Dès lors, la vie d'Amiel s'écoule entièrement à Genève, sans qu'aucun fait saillant n'en vienne rompre la monotonie. C'est tout juste s'il entreprend de temps à autre un bref voyage à Paris ou à Londres, en Allemagne ou en Italie, à l'occasion de quelque manifestation exceptionnelle ou pour renouer les liens d'anciennes amitiés. Durant toutes ces années, Amiel ne publiera qu'un certain nombre d'articles, quelques recueils de vers, qui lui attirent des succès d'estime, deux études sur Madame de Staël et sur Jean:Jacques Rousseau, ainsi que plusieurs rapports relatifs à l'instruction publique.
Cet aperçu biographique, objectif, sec et décevant, n'est que le cadre dans lequel le Journal va se développer et proliférer. Amiel est en effet tout entier dans ces 16900 pages manuscrites où nous pouvons le suivre, au jour le jour, dans sa vie quotidienne et dans sa vie intérieure.